Il palazzo fu costruito in età spagnola (secolo XVII) dal nobile Salvatore Enna, discendente da una ricca e antica famiglia aristocratica oristanese del periodo giudicale, considerata nobile anche in epoca successiva. L'edificio deve il suo nome al Senatore oristanese Salvatore Parpaglia che lo abitò e, probabilmente, lo fece erigere nella consistenza attuale nel XIX secolo. Durante il periodo fascista, il palazzo divenne la Casa del Fascio oristanese e accolse Mussolini il 15 maggio 1942. Il 26 febbraio 1938 il Podestà di Oristano, Paolo Lugas, acquistò per conto del Comune la collezione archeologica dell'avvocato Efisio Pischedda al prezzo di lire 20.000, dando vita al nucleo iniziale dell'Antiqvarivm Arborense. Il palazzo Parpaglia, acquistato successivamente dell'Amministrazione Comunale, ospitò in seguito diversi uffici comunali, una scuola media e la sede dell'ambulatorio dell'Ufficiale Sanitario. Dal 1992 divenne la nuova sede del Museo Archeologico cittadino.